繼花仙子世界之后，花仙子和天使們都生活得快快樂樂的。可是后來，不知從哪里冒出來的黑暗魔王其豐率領眾手下去攻打花仙子世界。原本寧靜的世界被打破了。雖然后來花仙子和天使們擋住了攻擊，將其豐和黑暗女王曲暗用封印封住了，恢復了世界的寧靜，但是不久，花仙子世界就爆發了一種瘟疫，并且難以治療。只有賽爾號精靈——布布種子最愛吃的食物——蜜制朝露才能治愈。怎么辦呢？心蝶仙女和西菲仙女奉命去了外太空，她們費了好大的勁才找到了賽爾號飛船。

她們找到派特博士，對他說了花仙子的難處。派特博士立刻報告了船長羅杰，船長羅杰召集了所有賽爾，一起尋找蜜制朝露。最后，他們的努力沒有白費，總算收集到了許多蜜制朝露。雖然這些可能不夠，但她們還是謝了船長和所有賽爾，返回地球。這么一點的蜜制朝露當然抵制不了什么，過了不久，花仙子世界就滅亡了。唯獨有一家小仙女幸免于難，于是跑到了賽爾號生存下來。后來，人類發展的歷史重演，最終出現了魔法學院。一群學生幸福地生活在這里。他們會發生什么事呢？請看下章。